La fonction de préfet voit le jour sous le Consulat, selon la volonté de Napoléon.
Préfets des Bouches-du-Rhône
XIXe siècle
- 2 mars 1800-1803 : Charles Delacroix
- 23 avril 1803-1814 : Antoine-Claire Thibaudeau
- 10 juin 1814-1815 : Jean-Baptiste Suzanne d’Albertas
- 22 mars 1815-1815 : Nicolas-Thérèse-Benoît Frochot
- 12 juillet 1815-1815 : Vincent-Marie Viénot de Vaublanc
- 1815-1829 : Christophe de Villeneuve-Bargemon
- 1829-1830 : Joseph-Charles-André d’Arbaud-Jouques
- 1830-1836 : Joseph-Antoine Thomas
- 1836-1848 : Charles-Aristide de La Coste
- 27 février 1848-juillet 1848 : Émille Ollivier
- 1848-1849 : Arsène Peauger
- 1849-1853 : Élysée de Suleau
- 1853-1857 : Guillaume-Alexandre de Crèvecœur
- 1857-1860 : Jean-Olympie Bouquet
- 1860-1866 : Charlemagne-Émile de Maupas
- 1866-1870 : Charles-Alphonse Levert
- 1870 : Louis Delpech
- 1870 : Alphonse-Henri Esquiros
-
Alphonse Gent (DR). 1870-1871 : Alphonse Gent
- 1871 : Paul Cosnier
- 1871 : Oscar Salvetat
- 1871-1872 : Émile de Kératry
- 1872-1873 : Henri Limbourg
- 1873-1876 : Jacques de Tracy
- 1876-1877 : Henri Doniol
- 1877 : Armand Pihoret
- 1877-1879 : Louis Tirman
- 1879-1883 : Eugène Poubelle
- 1883-1886 : Émile-Honoré Cazelles
- 1886-1891 : Antoine Lagarde
- 1892-1896 : Jules Deffès
- 1896 : Georges Cleftie
- 1896-1900 : Paul Joseph François Marie Floret
- 1900-1901 : Périclès Grimanelli
XXe siècle
- 1901-1902 : Charles-Étienne Lutaud
- 1902-1909 : Georges Mastier
- 1909-1911 : Marcel Grégoire
- 1911-1918 : Abraham Schrameck
- 1918 : Antoine Marty
- 1918-1919 : Lucien Saint